Порозов Ю.Б.: « … – это практическая, прикладная хемоинформатика (и биоинформатика), ведущая к созданию новых соединений»

Некоторое время назад завершилась зимняя зачетно-экзаменационная сессия по предметам образовательных программ. Подавляющая часть студентов кафедры ИТГС успешно сдали зачеты и экзамены в срок и без задолженностей как в России, так и за ее пределами в зарубежных университетах. Прежде всего это касается обучения по магистерской образовательной программе «Хемоинформатика и молекулярное моделирование», руководителем которой является Порозов Юрий Борисович, доцент, кандидат медицинских наук, заведующий международной научной лабораторией «Структурная биоинформатика» Университета ИТМО.

О работе с коллегами по практической, прикладной хемоинформатике (и биоинформатике), о том, какое значение имеет наука и магистерская образовательная программа в Университете ИТМО, Порозов Юрий Борисович рассказал во второй части беседы.

У современной науки интернациональный язык, связывающий культуры и людей из разных стран, именно поэтому у студентов кафедры существует возможность поехать на продолжение обучения в передовые зарубежные вузы и провести практику в лучших лабораториях мира. О своем обучении по магистерской программе 09.04.03 в вузе-партнере - Страсбургский университет (Франция) - рассказывает Арина Суворова, студентка кафедры ИТГС Университета ИТМО.

Когда у Вас появилась возможности выехать на стажировку за рубеж в период учебы?
Арина Суворова: В прошлом году в Университете ИТМО была открыта магистерская программа по направлению «Хемоинформатика и молекулярное моделирование» в сотрудничестве с университетом Страсбурга (Франция). После анализа информации об этой области стало ясно, что возможности для карьерного роста (после получения «корочки») огромны, а сама перспектива жизни за границей довольно заманчива. Специальность сочетает в себе информационные технологии, статистику, химию и биологию, что звучит довольно свежо и интересно. Вывод один - надо пробовать и пытаться освоить то, что было забыто со школьных времен.

Что Вы можете рассказать о процессе обучения в магистратуре в России?
Арина Суворова: Процесс обучения проходил тяжело. Программа открыта впервые, не все механизмы отлажены, не все профильные предметы даются в полном объеме; понимание того, чем же ты все-таки занимаешься, на протяжении первого семестра весьма размыто. Во втором семестре ситуация исправляется благодаря преподавателям из НИИ метрологии и принятых на кафедру новых сотрудников. Они великолепно знают свой предмет, готовы помогать, объяснять, советовать литературу, оценивать проекты, которые будут представлены на суд Александра Варнека – куратора направления во Франции и вершителя судеб тех, кто хочет испытать свой шанс. Коллеги из Казани, сотрудничающие со Страсбургским университетом уже не первый год, делятся своим опытом, рассказывая о подводных камнях и перспективах жизни после диплома, вселяя надежду, что всё не так уж сложно.

Представьте себя в роли гида, у которого есть 5-минутный задел во времени. Что Вы можете рассказать о первых днях и самом обучении во Франции?
Арина Суворова: Если опустить бюрократические проволочки, попытки успеть всё и сразу, поиск билетов и жилья, нервы и страх перед чем-то новым, то по приезде во Францию понимаешь, что все усилия были потрачены не зря. В первые дни странно и непривычно абсолютно всё: мягкий климат, приветливые и улыбчивые французы, которые всегда не прочь тебе помочь, спокойствие и неторопливость жизни, которые ощущаешь моментально – нет той суеты большого города, нет загазованности, нет лихачей на дорогах, нет вечно торопящихся и расталкивающих всех на своём пути людей с огромными баулами. В целом, городок довольно уютный и милый, истинное европейское спокойствие.
Сравнивать учёбу в России и во Франции довольно сложно и даже бессмысленно. Там, где десятки студентов уже защитили свои дипломные работы и нашли место в жизни, всё структурировано и отработано до мельчайших подробностей. Преподаватели компетентны, практические занятия направлены на отработку пройденного материала, а на все твои вопросы имеется ответ (ну, или на почти все). Перестраиваться было сложно. Никаких поблажек по причине отсутствующего бэкграунда по химии. Всё строго, всё чётко, никаких срывов дедлайнов.  Бессонные ночи над учебниками, попытки охватить всё и сразу, воскресные походы в библиотеку – сложно, но оно того стоит. Понимание, что к окончанию семестра ты действительно что-то знаешь, можешь анализировать и предлагать решения для существующих проблем, как ни крути, бесценно. Однако есть существенный минус. Вес имеет только итоговая оценка на экзамене. Отчёты, лабораторные, присутствие и активность на парах либо совсем не оцениваются, либо оцениваются ничтожно мало. 
Второй семестр посвящен написанию диплома. Есть два варианта: писать на предприятии или в лаборатории. Отбор осуществляется по результатам собеседования. Ну и скорость, с которой ты отправил своё резюме, тоже влияет. Есть шанс стать первым и затмить всех. Твой выбор ничем не ограничен – ты можешь уехать в любой город Франции (даже в другую страну), лишь бы тема диплома соответствовала твоему направлению. Но и тут встречается подводный камень. Тему диплома выбирает начальство. Выбора у тебя нет. Либо берёшь, что дают, либо ищешь дальше.

Чем Вы занимаетесь в данный момент?
Арина Суворова: В данный момент я прохожу стажировку в фармацевтической компании Sanofi. Я стажер в отделе разработки лекарственных препаратов. Мой проект – чистейшая хемоинформатика. Виртуальный скрининг для отбора агонистов с желаемыми свойствами для белка, имеющего терапевтический интерес. Видеть на практике то, о чём до этого читал только в учебниках, наблюдать все этапы разработки нового лекарственного препарата, прикладывать руку к тому, что, возможно, однажды спасет кому-то жизнь… Непередаваемые ощущения.

Вы упомянули о различиях учёбы в России и во Франции. Может быть есть еще какие-либо тонкости?
Арина Суворова: Разница в подходе к работе в России и Франции крайне велика. Двухчасовые обеденные перерывы, 35-часовая рабочая неделя, перерывы на кофе, комната отдыха, где можно спокойно вздремнуть, библиотека, довольные коллеги, излучающие радость, помощь более опытных сотрудников, достойная заработная плата – всё это, к сожалению, делает сравнение не в пользу России.
В первом семестре из-за напряженной учебы изучать красоты Франции и близлежащих стран не было никакой возможности. Подготовка к экзаменам и зубрежка нового материала отнимали безумного много сил, не оставляя времени на сон, поэтому приходилось довольствоваться видами Страсбурга. Во втором семестре свободного времени гораздо больше, не так страшно говорить на французском, уже знаешь, какие есть способы недорого добраться до Парижа, Праги или Мюнхена.
К жизни во Франции довольно сложно привыкнуть на первых порах. Нет круглосуточных магазинов, аптек, заведений, а в воскресенье ничего не работает. Всё спокойно и очень неторопливо, нет типичной русской суеты, бега. Французы умеют наслаждаться жизнью, смаковать каждое мгновение, не живут работой, как русские.  Они дружелюбны и, если ты знаешь хотя бы пару слов по-французски, с радостью попытаются тебе помочь. Особенно это чувствуется при прохождении стажа на предприятии, когда все сотрудники всячески способствуют твоей интеграции в рабочий коллектив, чтобы ты не чувствовал себя новичком или лишним.

Если подвести итоги обучения за рубежом, какие они?
Арина Суворова: Подводя итог, могу лишь сказать, что, несмотря на все недочёты, на долгий и нудный процесс получения визы, сбора документов, российскую и французскую бюрократию, необходимость потратить огромное количество времени на учебу (чаще всего самостоятельную), это бесценный опыт, который стоит того, чтобы претерпеть все эти минусы и неудачи и пожить год в чужой стране.

 

О том, как все устроено, о хемоинформатике, образовании и науке от первого лица

Рассказывает Юрий Борисович Порозов, руководитель магистерской образовательной программы «Хемоинформатика и молекулярное моделирование».

У меня очень похожие впечатления на те, о которых написали Арина и Маша. Одно дело – заниматься любимым делом в науке и совсем другое – начинать что-то, также имеющее отношение к моей профессии, но несколько в иной ипостаси. И, также, как и Арина и Маша, я считаю, что усилия не прошли даром, что оно того стоило. Вне всякого сомнения.


Порозов Юрий Борисович, доцент, кандидат медицинских наук,
заведующий международной научной лабораторией «Структурная биоинформатика» Университета ИТМО

Моя область и то, над чем мы работаем с коллегами, аспирантами и студентами – это практическая, прикладная хемоинформатика (и биоинформатика), ведущая к созданию новых соединений, в идеале – обладающих терапевтическими свойствами. Это наука и образование на стыке нескольких моно- и междисциплинарных специальностей. Наша наука и наша образовательная программа стоят на нескольких столпах – мы серьёзно учим биоинформатике (в её прикладном плане, структурной биоинформатике, основам метаболомики, моделирования и анализа сигнальных путей), химии, компьютерному молекулярному моделированию, отдельным разделам математики и отдельным разделам IT, включая машинное обучение. Мы уделяем меньше внимания вопросам геномной биоинформатики, популяционной и эволюционной биоинформатики. Но вместе с профильной программой СПбГУ, СПбГПУ и Института Биоинформатики можно говорить, что в Санкт-Петербурге образование в области математической биологии и хемоинформатики представлено достаточно полно.

Когда программа создавалась, нам сильно помогали коллеги из Казанского Федерального Университета, в котором такая магистратура открылась лет пять назад. Естественно, мы поддерживаем научные и иные связи, контакты с Т.И.Маджидовым и будем это сохранять и впредь.

Неоценимый и бескорыстный вклад, помощь, поддержку программе в Университете ИТМО на кафедре ИТГС оказывает её со-руководитель проф. А.А.Варнек (Страсбургский университет). Я считаю, что это большая удача для всех наших студентов, а для тех, кто на М2 учатся в Страсбурге - особенно, что Александр Алексеевич сразу установил высокую планку и такие стандарты в плане результатов обучения, которые заставляют и студентов, и преподавателей выкладываться в аудиториях. Совершенно обычное для большинства зарубежных университетов отношение к учёбе и к качеству преподавания и знаниям выпускников сейчас внедряется и на нашей совместной образовательной программе, чему я очень рад.

В этом году – наш третий набор. Пока каждый новый набор студентов у нас получает всё лучшее и лучшее образование. Из-за того, что программа совсем новая, мы каждый год корректируем акценты в преподавании и в предметах. У меня нет сомнений в том, что студентам, которые в сентябре поедут в Страсбург, будет легче, чем Арине и Маше. Но я не говорю о том, что им будет легко и будет свободное время. Скорее всего, его не будет. В сентябре мы, как и год назад, скорректируем наши лекции и практические занятия с тем, чтобы третьему нашему набору было лучше, окажись они в Страсбургском университете. Для этого у меня есть несколько ноу-хау, главное из которых – мои коллеги, профессионалы высочайшего уровня, молодые ребята, которые уже много лет работают в этой профессии, знакомые и с индустрией. Не могу не упомянуть и про техническую базу – это серверы и самое современное и ежегодно обновляемое коммерческое программное обеспечение, базы данных по подписке, на которых мы решаем наши задачи и обучаем студентов.

Удивительно, что очевидные вещи в виде уже наблюдаемого острого дефицита специалистов в практической биоинформатике и хемоинформатике, которые нужны при любой молекулярно-биологической работе, высокотехнологичной молекулярной медицине и разработке в химии, пока не приводят к появлению качественных магистерских программ. Я рад, что мы в Университете ИТМО нарабатываем опыт преподавания сложнейшей специальности, следуя за пионерами в этом в России – Казанским Федеральным Университетом. Приятно, что мы не ощущаем конкуренции – с одной стороны, у нас несколько иной уклон (в IT), но не менее важно и то, что просто нет конкурентной среды. На всю страну – две программы, обе – благодаря энергии и содействию проф. А.А.Варнека.

Обращаюсь к потенциальным магистрантам – несмотря на то, что в слове «хемоинформатика» присутствует информатика, ведущую, главную роль тут играют знания в химии (как и в биоинформатике – знания в биологии). Поэтому те бакалавры, у которых слабый, как они считают, бэкграунд в программировании, но сильные позиции в биохимии, молекулярной физике, возможно, в квантовой теории и пр. – добро пожаловать! Освоить в нужных объёмах machine learning проще, чем QM\MD. Подчеркну, что в Страсбурге в магистратуре готовят специалистов, способных создавать новые методы и подходы для вычислительной, предсказательной химии, а значит, понимающих физику и химию, стоящую за тем или иным явлением. А не только умеющих путём несложных манипуляций с клавиатурой и мышью решить несложную задачу. В этом году в Страсбург на учёбу собираются поехать три студентки.
Приходите, будет интересно!

Фоторепортаж: Арина Суворова
Фотография Ю.Б.Порозова: личный архив Ю.Б.Порозова
Беседу вела Елизавета Кобец
Ведущий инженер
кафедры интеллектуальных технологий
в гуманитарной сфере Университет ИТМО

Информация © 2015-2018 Университет ИТМО
Разработка © 2015 Департамент информационных технологий